ALGO-METABIONTE

Les interactions biotiques sont au cœur du fonctionnement des organismes et pourraient être un moteur clé de l’évolution métabolique. Pour explorer la co-évolution des voies métaboliques, les algues brunes offrent des systèmes originaux d’holobiontes marins, l’hôte algal étant associé à un microbiote plus ou moins spécifique et abritant des endophytes appartenant au même phylum. Leur étude pose des défis biologiques et informatiques concernant à la fois l’intégration des connaissances et données hétérogènes, et l’interprétation des résultats d’expériences à grande échelle. Aux interfaces entre biologie et informatique, le projet ALGO-METABIONTE étudiera l’hypothèse d’une co-évolution fonctionnelle au sein de l’holobionte algal en combinant approches expérimentales, méthodes formelles et apprentissage automatique. Plus spécifiquement, il a pour but d’intégrer et de comparer les réseaux métaboliques des espèces partenaires pour identifier, sans a priori, des pertes ou synergies de fonction compensées ou permises par des complémentarités métaboliques, et prédire des interactions ou de nouvelles activités enzymatiques potentielles, par inférence de voies de biosynthèse.