Coronavirus : M comme « microbiologie urbaine »

Tribune parue dans le Monde

Benoit Cournoyer, directeur de recherche au CNRS, lauréat du défi Écosystèmes urbains, appel à projets de la MITI 2019-2020

Laurent Moulin, responsable R&D à Eau de Paris

Née il y a une dizaine d’années, la microbiologie urbaine étudie la diversité microbiologique des espaces et des réseaux urbains. Les chercheurs Benoît Cournoyer et Laurent Moulin explorent ses nombreuses applications à l’heure du Covid-19.

Tribune. Les interrogations actuelles sur le temps de survie du virus SARS-CoV-2, notamment sur les surfaces des espaces communs propres à la vie urbaine – transports publics, rues, réseaux d’évacuation – font écho à certaines questions traitées dans le domaine de la microbiologie urbaine.

Dans la continuité des travaux pionniers des hygiénistes du XIXe siècle, des projets de recherche sont menés depuis une dizaine d’années an de décrire et mieux comprendre la diversité microbiologique des espaces et des réseaux urbains, et ce à l’aide des méthodes moléculaires les plus actuelles. A New York, par exemple, l’inventaire des ADN bactériens présents sur les objets dans les espaces publics a été réalisé par une équipe de chercheurs issus de diérentes institutions.

Pollutions chimiques et moteurs thermiques

Ce travail a eu un impact médiatique important. En pour cause : les chercheurs ont détecté la présence de génomes appartenant à des groupes pathogènes comme Yesinia pestis (peste) ou Bacillus anthracis (maladie du charbon) à partir d’ADN extraits des surfaces du métro, et ce malgré l’expression de réserves concernant la méthodologie adoptée.

À l’université de Lyon, les ADN des dépôts urbains – résidus et poussières – ainsi que des eaux de ruissellement ont été utilisés comme traces permettant de déterminer la diversité des microorganismes présents sur l’ensemble d’un territoire urbanisé et d’expliquer les raisons de leur présence. Des relations entre l’abondance de certaines signatures ADN d’espèces microbiennes et les pollutions chimiques liées aux activités industrielles et aux moteurs thermiques ont ainsi pu être établies.

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Cet article s’inscrit dans le cadre de « l’abécédaire de la ville » du Monde Cities, avec l’École urbaine de Lyon. Sa coordination scientifique est assurée par Lucas Tiphine.

Illustration : un employé municipal désinfecte la rue située devant un bloc d’immeubles afin d’éviter la propagation du coronavirus, à Moscou, le 28 mars.
ANDER NEMENOV / AFP